Djelatnosti Agencije propisane su Zakonom o Hrvatskoj agenciji za poljoprivredu i hranu i drugim specijalističkim propisima (više od 19 Zakona, više od 200 Pravilnika, Uredbi i Naputaka), a obuhvaćaju istraživanja u polju agronomije i srodnim poljima, zaštite bilja, sjemenarstva i rasadničarstva, vinogradarstva, vinarstva, uljarstva, voćarstva, povrćarstva, poljoprivrednog zemljišta, stočarstva, kontrole kvalitete svježeg sirovog mlijeka, meda i stočne hrane i sigurnosti hrane.