Misija Hrvatske poljoprivredne komore je razvoj poljoprivrednih gospodarstava prema načelima dobre poljoprivredne prakse kroz savjetovanje, edukacije i informiranje, kako bi bili konkurentni i prilagodljivi svjetskim trendovima te poboljšanje kvalitete poljoprivrednih proizvoda, održivo korištenje i okrupnjavanje poljoprivrednog zemljišta, razvijanje kvalitete života u ruralnom području i proširenje proizvodnog programa ruralnih gospodarstva uz zaštitu okoliša i krajobraza te poštivanje običaja tradicijskih vrijednosti hrvatskog sela.